Opuścił Wilno z rodziną do wnętrza lutym 1945 wewnątrz czwartym transporcie Polaków; po tygodniowej podróży znalazł się wewnątrz Białymstoku, gdzie 6 marca tegoż roku został ordynatorem oddziału chirurgicznego szpitala kolejowego. Dwa miesiące z kolei przeniesiono Janowicza służbowo do Olsztyna plus powierzono funkcję ordynatora chirurgii trzech szpitali - kolejowego, Wojewódzkiego Urzędu Bezpieczeństwa Publicznego (polikliniki) dodatkowo wojewódzkiego (Mariackiego, późniejszy Szpital Miejski). Do jego zadań należało zorganizowanie tych oddziałów, zatrudnienie personelu pomocniczego, starania o sprzęt, przybory chirurgiczne, pościel, bieliznę; pozycja pracą organizacyjną aktywnie wykonywał obowiązki lekarskie. Resort zdrowia powierzył mu funkcję wojewódzkiego konsultanta ds. chirurgii oraz przewodniczącego zespołu konsultantów; do wnętrza tym charakterze przystąpił do organizacji oddziałów chirurgicznych do wnętrza szpitalach powiatowych. W Olsztynie zainicjował oddziaływanie kilku nowych oddziałów specjalistycznych - chirurgii dziecięcej, chirurgii urazowo-ortopedycznej, chirurgii urologicznej, torakochirurgii, leczenia gruźlicy kostno-stawowej. Z polikliniką Janowicz był związany do 1954, ze szpitalem kolejowym oraz Mariackim - do końca życia.
Pod kierunkiem Jana Janowicza podnosiło swoje kwalifikacje wewnątrz Olsztynie wokół 150 lekarzy; historyk medycyny Andrzej Skrobacki określił to krąg mianem "szkoły Janowicza", zaliczając doń znanych olsztyńskich lekarzy, m.in. Mieczysława Pimpickiego, Jana Rymiana, Tadeusza Kołodziejczyka, Jana Chmiela, Mieczysława Szwałkiewicza, Zygmunta Krassowskiego, Mieczysława Żełudziewicza, Bohdana Tallata-Kiełpisza, Henryka Dawnisa, Marię Natalię Świetlikową, Stanisława Niepsuja. Sam Janowicz uważał siebie przede wszystkim zbytnio lekarza-praktyka; nie chcąc rozdzielać pracy chirurga wewnątrz Olsztynie, odmówił przyjęcia propozycji objęcia stanowiska dydaktycznego na białostockiej Akademii Medycznej.